Das Holzflößen erforderte auch den Ausbau notwendiger Begleitbauten, die Waldarbeiter und Flößer erbauten hier ihre Hütten. In den Jahren 1530 – 1550 fingen neue Siedler an sich auf dem Gebiet von Herrnskretschen niederzulassen. Nicht nur Holz wurde auf der Elbe geflößt, in den Herrnskretschner Speichern wurde Getreide, Glas, aber auch das nach Böhmen eingefahrene Salz gelagert. Zu dieser Zeit war die adlige Familie Salhausen im Besitz des Ortes. Aufgrund ihrer Schulden wurde Herrnskretschen im Jahr 1612 von deren Gläubiger Johann von Wartenberg erworben, es folgten die Familien Wchinitz und Aldringen, seit dem Jahr 1664 Clary-Aldringen.
Nach dem Tode von Johann Aldringen im Dreißigjährigen Krieg wurde der Besitz unter Erben aufgeteilt. So kam es dazu, dass die Bewohner von Herrnskretschen und Stimmersdorf (Mezná) vier Obrigkeiten unterlagen. Erst unter Franz Karl wurden im Jahr 1709 alle Teile in eine einzige – die Binnsdorfer Herrschaft – zusammengeschlossen.
Im 17. Jahrhundert stieg die Bedeutung von Herrnskretschen als einem Handelszentrum an. Die Holzverarbeitung verblieb weiterhin die Haupterwerbsquelle. Im 18. Jahrhundert befanden sich hier vier Sägemühlen, eine davon wurde im Jahr 1892 während einer Cholera-Epidemie zu einem Spital umgewandelt. Betrieben wurden mehrere Flossbindereien, das Holz wurde auch zu entfernteren Orten befördert. Eine Spezialität waren mächtige, mehrere Hundert Jahre alte Stämme, die an Werften zum Bau von Masten großer Segelschiffe geliefert wurden. Das Holz wurde aber auch zu Dachschindeln, Geschirr, Werkzeugen, Stangen zum Stützen von Hopfen und weiteren Artikeln verarbeitet. In Meilern inmitten der Wälder wurden Holzkohle und Schmiere hergestellt. Auch mit Pilzen wurde gehandelt.
Zusammen mit dem Getreidehandel kam es auch zur Entwicklung von Mühlen. In Herrnskretschen gab es drei Mühlen, die jüngste davon wurde nach einem Brand zum Hotel Zur Mühle (U Mlýna), heute Klepáč, umgebaut. Eine weitere wichtige Erwerbsquelle war der Abbau und Verarbeitung von Sandstein, der bis nach Dresden exportiert wurde.Die hiesigen Menschen bewältigten ihren Lebensunterhalt aber auch mit Schmuggel, (der Schmugglerweg ist schon seit dem Jahr 1492 bekannt). Geschmuggelt wurden Salz, Tabak, Leinen sowie weitere Waren. Nach dem Dreißigjährigen Krieg wurde die Grenze schärfer bewacht. Im Jahr 1656 gab es in Herrnskretschen Nachweisen nach eine Station zur Kontrolle des Salzhandels, in den 30er Jahren des 18. Jahrhunderts dann eine Zollstation.
Eine besondere Bedeutung hatte die Einführung der Dampfschifffahrt, der erste Dampfer fuhr am 14.6.1838 durch Herrnskretschen. Die allgemeine industrielle Entwicklung im 19. Jahrhundert machte sich in Herrnskretschen nicht besonders bemerkbar. Das einzige industrielle Unternehmen war ein chemisches Werk zur Herstellung von Farben zum Färben von Schafwolle und Seide, früh wurde das Objekt zu einer Filiale eines Dresdner Unternehmens zur Herstellung von Zwirn für Nähmaschinen (in Betrieb bis 1945).
Im 19. Jahrhundert beginnt zunehmend die Entwicklung des Fremdenverkehrs in Herrnskretschen, gefördert vom Besitzer der Herrschaft Fürst Clary-Aldringen. In den 30er Jahren des 19. Jahrhunderts wurde der Weg aus Herrnskretschen zum Prebischtor ausgebaut, es entstanden Hotels, Pensionen und Gasthäuser. Im Jahr 1862 gründete hier Gustav Kreibich sein Unternehmen, welches sich unter anderem mit dem Verkauf von Fotografien und Ansichtskarten von Herrnskretschen befasste.
Im Jahr 1898 wurden die Klammen des Kamnitzbachs erschlossen. Im Jahr 1879 entstehen in Herrnskretschen und Hohenleipa Sektionen des Gebirgsvereins für die Böhmische Schweiz. Ihre Mitglieder beteiligten sich am Ausbau von Pfaden, Wegen, Aussichtspunkten, Geländern, Bänken, Brücken, aber auch an der Herausgabe von Werbe- und Informations-Druckerzeugnissen, sowie der Organisation unterschiedlicher Treffen.
In den Jahren 1786-87 wurde die Barockkirche des Hl. Johannes von Nepomuk erbaut, vor der eine Statue dessen Patrons aus dem Jahr 1756 aufgestellt ist. Die Kirche wurde angeblich an einem Gasthaus aus dem 16. Jahrhundert erbaut, welches später zum Hotel Deutsches Haus umgebaut wurde, und zwar auf einen Anreiz seitens des zukünftigen Herrschers Joseph II., der hier im Jahr 1779 eine Station auf seinem Weg von Tetschen (Děčín) machte. Das Hotel wurde nach dem Krieg umbenannt auf Český lev (Böhmischer Löwe) und um 1956 durch einen Brand vernichtet.
Viele in Deutschland nach dem Jahr 1933 getroffenen Maßnahmen hatten einen Rückgang gewerblicher Tätigkeiten in Herrnskretschen zur Folge. Die Clarys gehörten zu Anhängern von K. Henlein. Im Jahr 1939 wurde Herrnskretschen dem Reich angeschlossen und im ursprünglichen Textilwerk wurde eine Zweigstelle eines Flugzeugunternehmens aus Bremen eingerichtet. Für dessen Zwecke wurden Stollen in den Felsen errichtet.
Während des Krieges wurden am Hotel Herrnhaus eine Brücke über den Kamnitzbach sowie eine Verbindungsstraße zwischen Tetschen und Herrnskretschen erbaut. Zum Kriegsende lag der Ort auf der Strecke mehrerer Transporte von Häftlingen, die aus Konzentrationslagern evakuiert wurden.
Nach dem Krieg nahm der Fremdenverkehr ab, zu einer Belebung kam es erst nach der Rekonstruktion der Klammen im Jahr 1964. Die Besucherzahlen begonnen wieder zu steigen, mit einigen Schwankungen im Zusammenhang mit Katastrophen, durch die Herrnskretschen noch wiederholt betroffen wurde. Heute lebt Herrnskretschen wieder durch Fremdenverkehr. Mit dem benachbarten Deutschland verbinden die Gemeinde eine internationale Straße sowie eine Fähre.